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自然界微生物種類繁多，適應(yīng)性強(qiáng)，代謝方式多樣，幾乎可以降解環(huán)境中的所有污染物質(zhì)，因此含有不同微生物的菌種在工業(yè)污水處理中的應(yīng)用前景非常廣闊。常用的菌種可以從對氧需求的不同、去除對象不同進(jìn)行分類。因好氧、厭氧的不同可以分為、好氧菌、兼性，根據(jù)去除對象不同可以分為氨氮去、總氮去、油脂分解菌、COD降解菌、除硫菌等。不同的菌種生存以及適應(yīng)條件不一樣，在污水處理中的應(yīng)用，存在以上兩種或多種微生物共同進(jìn)行作用。微生物具有變異快的特點，當(dāng)水體環(huán)境發(fā)生極端變化時，微生物會在短時間內(nèi)產(chǎn)生適應(yīng)性突變，所以其處理污水的方式更加靈活多樣，這就是污泥可以得到馴化的基礎(chǔ)。
不用菌種在污水處理中的應(yīng)用如下：
一、氨氮去：主要為硝酸菌和亞硝酸菌，主要起到硝化氧化的作用，這類菌屬于好氧菌，首先是亞硝酸菌氧化氨形成亞硝酸鹽，亞硝酸鹽再經(jīng)過亞硝酸菌氧化形成硝酸鹽，其作用結(jié)果是將氨氮轉(zhuǎn)化為亞硝酸鹽和硝酸鹽，從而達(dá)到去除氨氮的目的。氨氮去需氧量大，若配備風(fēng)量不足的鼓風(fēng)機(jī)常難以達(dá)到理想效果。
二、總氮去：主要為反硝化菌，所起的作用為反硝化脫氮。總氮去是在氨氮去作用的基礎(chǔ)上，通過接受氨氮去的產(chǎn)物亞硝酸鹽和硝酸鹽，將其產(chǎn)物轉(zhuǎn)化為N2和水，N2釋放到空氣中，使氮從水中脫離，達(dá)到去除總氮的目的?？偟榧嫘裕慈毖蹙?，需要的氧氣量比氨氮去要少。
因此氨氮去和總氮去常常被一同應(yīng)用，已形成多種成熟的處理工藝，常見的工藝技術(shù)就有A2O工藝、AO工藝、氧化溝工藝、SBR工藝。
近年來也產(chǎn)生了另一種除氨氮的菌種，即厭氧氨氧化菌，與氨氮去結(jié)合總氮去相比，可省略其中需要氧氣的部分，可以直接將氨氮轉(zhuǎn)化為N2和水，是一種，其優(yōu)點顯而易見。
三、油脂分解菌：主要的作用機(jī)理是在分解酶的作用下，將由脂肪酸結(jié)合而成的甘油切斷，形成可以被微生物吸收的物質(zhì)，通過微生物吸收進(jìn)體內(nèi)進(jìn)行新陳代謝，得到降解。
四、COD降解菌：種類較多，有發(fā)酵菌、水解酸化菌、產(chǎn)氫產(chǎn)乙酸菌、好氧菌等，在厭氧環(huán)境和好氧環(huán)境菌可以得到有效降解，其作用原理相對復(fù)雜，通常對于有機(jī)物的降解主要是靠某些特定的微生物將大分子物質(zhì)分解為小分子物質(zhì)，然后再通過xijun等對小分子進(jìn)行利用。
五、除硫菌：包括硫酸鹽還原菌、硫化xijun、硫磺xijun等。硫酸鹽還原菌在作用原理上類似于有氧呼吸，成為硫酸呼吸或異化性還原作用，其反應(yīng)產(chǎn)物為硫化氫和水等，自然界多數(shù)的硫化氫都源于此反應(yīng)。
除了以上五種菌種外，還衍生出多種水處理菌種，包括耐鹽菌，可以處理大部分微生物不能降解的高鹽廢水。